쟁점물품에 대한 수정수입세금계산서 발급 신청을 거부한 처분의 당부

청구법인은 쟁점물품의 한-EU FTA 협정관세율 적용 요건 충족 여부에 대하여 사전에 수출자와의 업무협의를 통해 확인한 것으로 보이고, 인증수출자인 수출자가 작성한 원산지신고서에 기재된 인증번호체계 및 작성 문구 등에도 특별한 잘못이 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

1. 처분 개요

가. 청구법인은 OOO 소재 OOO(이하 “수출자”라고 한다)로부터 OOO을 수입신고번호 OOO으로 수입하면서 「대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정」(이하 “한-EU FTA”라고 한다)에 따른 협정관세율을 적용하여 수입신고하였고, 통관지세관장은 이를 수리하였다.

나. 처분청은 2018.8.31. 위 신고물품의 원산지에 관한 서면조사를 거쳐, OOO 관세당국에 원산지 진위 여부와 그 정확성 등에 관한 국제간접검증을 요청하였고, OOO 관세당국은 2019.6.13. “검증요청한 29건의 원산지신고서에 포함된 30개 모델 중 4개 모델(수입신고번호 OOO, 이하 “쟁점물품”이라 한다)은 한-EU FTA 원산지결정기준을 충족하지 않아 특혜자격이 없음을 확인하였고, 나머지 모델은 특혜자격을 가진다”라고 검증결과를 회신하였다.

다. 처분청은 2019.8.19. 청구법인에게 쟁점물품에 대한 협정관세율 적용을 배제한다는 통지를 하였고, 2019.10.4. 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하는 한편, 청구법인의 2020.6.22.자 수정수입세금계산서 발급 신청에 대하여는 2020.6.25. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 수정수입세금계산서 발급 신청 거부처분에 불복하여 2020.7.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점물품을 수입신고하기 전에 수출자에게 한-EU FTA 협정관세율 적용을 받기 위한 원산지 조건 충족 여부를 확인하는 등 통상의 주의의무를 다하였다.청구법인은 쟁점물품을 수입하기 이전인 2014월 1월경 공급루트 변경에 따라 수출관계자OOO와 협의하여 쟁점물품이 한-EU FTA에 의한 협정관세율 적용 요건을 충족하는지 여부를 확인하였다.청구법인은 원산지를 인정받기 위한 상업송장의 원산지 표시문구까지는 관세청에 문의하여 정상 여부를 확인받았고, 2018.4.17.자 처분청의 안내에 따른 자율점검 당시 OOO 본사를 통해 위 수출관계자 측에게 원산지 자율점검 사실을 알리기도 하였다.

(2) 청구법인은 쟁점물품 수입신고(통관) 과정에서도 수출자에게 원산지 조건 충족 여부를 거듭 확인하였다.처분청은 2016.5.10. 청구법인에게 한-EU FTA 인증수출자 번호 자율점검을 안내하였고, 이에 청구법인은 수출자에게 OOO세관이 발급한 ‘인증수출자 인증서’의 사본을 요청하여 2016.6.13. 처분청에 이를 제출하는 등 적극적으로 협조하였다.OOO세관이 발행한 ‘인증수출자 인증서’에는 인증수출자 및 인증번호와 함께 OOO에서 우리나라 등으로 수출되는 물품에 대하여 상업송장에 표시함으로서 OOO이 원산지임을 증명한다는 문구가 기재되어 있었고, 수출자가 서명하여 제공한 ‘원산지신고서’ 역시 문안 및 인증번호 형식에 오류가 없어 청구법인은 이를 신뢰하였다.

(3) 청구법인은 영업기밀에 속하는 원가정보 등을 알 수가 없다.쟁점물품에 대한 원산지를 판정하기 위해서는 생산에 투입되는 원재료의 원산지, 가격, 수량에 대한 정보가 있어야 가능한데 이러한 정보는 기업의 영업비밀에 속하는 사항으로 수입자인 청구법인은 그 내용을 알 수 없다.수출자 조차도 원산지신고서를 발급한 30개 모델 중 4개 모델이 원산지결정기준을 미충족한 사실을 원산지 검증을 통해 비로소 알 수 있었는데, 청구법인에게 이를 정확히 확인할 것을 기대하는 것은 타당하지 않다.

(4) 수출자는 청구법인의 특수관계자이나, 쟁점물품의 거래는 그 실질이 특수관계가 없는 제3자와의 거래구조와 같다.청구법인은 수출자와 특수관계에 있으나, 한-EU FTA 협정세율 적용을 위한 원산지 결정기준 충족 여부 확인을 위한 그 어떤 정보도 접근할 수가 없다. OOO은 기본적으로 OOO 시스템 및 OOO(원산지 판정 시스템)라는 원산지판정 시스템을 사용하고 있으나, 원산지판정 관련 정보는 접근이 불가능하다. 심지어 수출자의 경우 OOO를 사용하지도 않아서 더더욱 원산지 관련 정보에 대한 접근을 기대하기 어렵다.OOO에 있는 각 법인을 OOO로 편입시키는 과정에서도 수출자는 별도 분리된 법인으로 남게 되었는바, 그에 따라 실질은 제3자 거래와 동일하게 거래가 이루어져 청구법인은 원산지 정보를 알 수가 없다.

(5) 결국 청구법인은 수입자로서 통상의 주의의무를 다하여 귀책이 없으므로「부가가치세법」 제35조제2항 다목, 같은 법 시행령 제72조 제4항 제2호 및 제6호, 「수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침(관세청)」 제14조 제1호 가목 및 제3호의 규정에 따라 이 건 수정수입세금계산서 발급 거부처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 수출자가 발행한 원산지신고서만을 만연히 신뢰하여 쟁점물품의 원산지 결정기준 충족 여부 등에 대해 어떠한 확인 활동도 하지 않았다. 처분청은「부가가치세법」 제35조제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제72조 제4항에 따라 ‘수입자의 단순 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우’ 등에 한하여 수정수입세금계산서를 발급하고 있다. 청구법인이 확인을 하였다는 증명으로 제출한 국내 OOO의 공급계약 관련 문서에서는 공급가격과 관련하여 단순히 “FTA 협정에 정한 관세율을 적용한다”라고만 언급하고 있고, 수출자와 국내 공급선 변경과 관련한 전화회의 결과를 보고한 메일에서도 “쟁점물품이 FTA 관세 인하 적용을 받을 수 있다고 한다”라고만 되어 있는바, 이는 협정관세율 적용이 가능하다는 일반적인 내용에 불과하다(설령 확인했다고 하더라도 원산지 충족 여부를 단지 전화상으로 물어본 정도에 불과하다). 또한, 청구법인이 관세청에 문의한 내용은 ‘OOO’임을 나타내는 원산지 표기에 관한 것으로서 쟁점물품의 원산지 결정기준 충족 여부와는 직접 관련이 없어 이를 들어 청구법인이 쟁점물품의 원산지 확인을 위한 적극적 활동을 하였다고 볼 수 없다. 청구법인은 2018.4.24. 수출자에게 처분청의 원산지 자율점검 사실을 통보하면서 “쟁점물품이 원산지를 충족하기 희망한다”라고 하였을 뿐이므로 이 역시 쟁점물품의 원산지 결정기준 충족 여부를 확인한 것으로 볼 수 없다. 청구법인은 처분청이 2018.8.31. 원산지 조사를 시작하자 그제서야 수출자에게 쟁점물품 OOO 등의 자료를 요청하면서 원산지 결정기준을 충족하는지에 대해 문의하였다.

이와 같이 청구법인은 쟁점물품의 협정관세 적용 신청시까지 수출자에게 원산지 기준 충족 여부를 충실히 확인한 내역이 없고, 단지 처분청의 원산지 조사 통지를 받고난 이후에야 비로소 수출자에게 원산지 기준 충족 여부를 문의하였을 뿐이다.

(2) 청구법인은 다른 특수관계자들과 달리 수출자가 그룹 소속사들과 동일한 원산지 관리 시스템 등을 사용하지 않고 있다는 사실을 인지하고 있었음에도, 쟁점물품의 원산지 결정기준 충족 여부를 확인하기 위하여 추가적인 노력을 한 사실이 없다.

(3) 청구법인은 수출자가 발급한 유효한 형식의 원산지신고서에 근거하여 협정관세율의 적용을 신청하였으므로 귀책사유가 없다고 주장하나, 형식상 유효한 원산지신고서를 확인하는 것은 수입자의 최소한의 의무사항이므로 이를 들어 청구법인에게 귀책사유가 없음이 증명된 것으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점물품에 대한 수정수입세금계산서 발급 신청을 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점물품은 OOO으로 기본관세율은 13%이나, 한-EU FTA 협정관세율은 0～4.3%이다. 이때 적용되는 원산지결정기준은 세번변경기준(모든 호에 해당하는 재료로부터 생산된 것) 또는 부가가치기준(해당 물품의 생산에 사용된 모든 비원산지재료의 가격이 해당 물품의 공장도가격의 50%를 초과하지 아니한 것)인데, 수출자는 이 중 부가가치기준을 적용하여 원산지신고서를 작성하였고, 청구법인은 이를 바탕으로 한-EU FTA 협정관세율을 적용받았다. (나) 청구법인의 직원은 2014.1.7. 수출자 및 OOO와 ‘공급 루트 변경 관련’ 전화회의를 실시하고 메일로 그 결과를 보고하였는데, 이에 의하면 OOO 제품은 모든 요구 조건을 충족하여 FTA 관세 인하 적용을 받을 수 있다고 확인한 것으로 나타난다. 한편, 청구법인이 2015년 1월경 국내 OOO와 맺은 ‘OOO’에는 FTA와 관련하여 “FTA 협정에 정한 관세율을 적용한다(2015년 7월 2.1% 적용)”라고 기재되어 있다. (다) 처분청은 2016.5.10. 청구법인에게 ‘한-EU FTA 인증수출자 번호 자율점검 안내’를 하였는데, 그 주요 내용은 청구법인의 수입신고 건 중 ‘협정관세 적용신청서’의 인증수출자 번호가 부적정한 것으로 의심되는 건에 대하여 자율점검 후 2016.6.13.까지 관련 자료를 제출하라는 것이었다. 이에 따라 청구법인은 2016.6.13. 처분청에 ‘원산지 검증 자율 점검표’에 수출자의 ‘인증수출자 증명서’ 사본을 첨부하여 제출하였는데, ‘인증수출자 증명서’에는 OOO 관세당국이 2013.1.29. 수출자에 대하여 인증번호OOO 부여하여 인증수출자 자격을 부여한 것으로 나타난다.

(라) 처분청은 2018.4.17. 청구법인에게 “청구법인이 한-EU FTA 및 한-인도 CEPA 협정관세율을 적용하여 수입한 OOO에 대해 자율점검 후 30일 이내 자율점검표 및 기타 증빙서류를 제출하라”는 취지로 ‘FTA 특혜관세 적용 수입물품에 대한 원산지 자율점검 안내’를 한 후, 2018.8.31. 위 물품의 원산지에 관한 서면조사를 실시하였고, 그에 따라 청구법인은 2018.9.5. 수출자에게 원산지조사와 관련하여 OOO 등의 자료를 요청한 것으로 나타난다. (마) 참고로 청구법인은 가산세 부과(면제거부)처분 및 수정수입세금계산서 발급 거부처분에 불복하여 2019.12.6. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 2020.6.11. 가산세에 대한 심판청구는 기각으로, 수정수입세금계산서에 대한 심판청구는 불복청구의 대상이 없어 부적법한 청구에 해당된다고 보아 각하 결정을 하였다(조심 2020관19).

(2)「부가가치세법」 제35조제2항 제2호 다목에 의하면 세관장은 ‘수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우’에 수정수입세금계산서를 수입하는 자에게 발급하여야 하고, 그 예시로서 같은 법 시행령 제72조 제4항 제2호는 ‘수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우’를 규정하고 있다.이와 관련하여 관세청 2018.3.29.자 「수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침」제14조 제1항 제1호 가목에서는 ‘협정 또는 관련 법령에 따라 수입자가 체약상대국의 수출자 등으로부터 제출된 원산지증빙서류를 갖추고, 제출된 사실과 일치하게 협정관세를 적용받았음을 수입자가 증명하는 경우’를「부가가치세법 시행령」 제72조제4항 제2호에 해당하는 경우로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점물품의 원산지 결정기준 충족 여부를 성실히 확인하지 않는 등 청구법인에게 귀책사유가 있으므로 수정수입세금계산서 발급을 거부한 이 건 처분은 정당하다는 의견이나,청구법인은 쟁점물품의 한-EU FTA 협정관세율 적용 요건 충족 여부에 대하여 사전에 수출자와의 업무협의를 통해 확인한 것으로 보이고, 인증수출자인 수출자가 작성한 원산지신고서에 기재된 인증번호체계 및 작성 문구 등에도 특별한 잘못이 없는 것으로 나타나는 점, OOO 관세당국의 검증 결과에 따르면 검증대상 30개 모델 중 26개 모델의 경우 원산지결정기준을 충족하고, 단지 4개의 모델만이 미충족한 것으로 나타나는데, 부가가치기준에 따라 원산지를 판단할 경우 세부적인 원가자료에 대한 확인이 필수적이나, 이러한 정보를 입수함에 있어 청구법인이 가지는 현실적인 어려움을 감안한다면, 일부 원산지결정기준 충족 여부가 사실과 다른 것을 두고 청구법인에게만 귀책사유가 있다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「관세법」제131조,「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 부가가치세법제35조[수입세금계산서]

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우다. 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

③ 수입하는 자는 제2항에도 불구하고 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하는 경우「국세기본법」 제26조의2제1항이나 같은 조 제6항제1호에 따른 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 신청할 수 있다.

(2) 부가가치세법 시행령제72조[수입세금계산서]

④ 법 제35조 제2항 제2호 다목에서 “수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우

3. 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조 제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 아니하는 경우

6. 제1호부터 제5호까지에서 규정한 사항 외에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

⑥ 법 제35조 제3항에 따라 수정수입세금계산서를 발급받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 수정수입세금계산서 발급신청서를 해당 부가가치세를 징수한 세관장에게 제출하여야 한다.

(3) 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침제14조[협정관세 분야]

① 수입물품에 적용한 협정관세가 배제되는 경우로서 제4조제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.

1. 영 제72조 제4항 제2호에 해당하는 경우로서 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우가. 협정 또는 관련법령에 따라 수입자가 체약상대국의 수출자 등으로부터 제출된 원산지증빙서류를 갖추고, 제출된 사실과 일치하게 협정관세를 적용받았음을 수입자가 증명하는 경우나. 원산지증명서 발급자(수출자 또는 생산자)의 파산ㆍ폐업 등 불가피한 사유로 원산지 관련 자료 입수ㆍ제출이 불가능한 경우

2. 영 제72조제4항제3호에 해당하는 경우로서 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 않는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우가. FTA 체약상대국의 관세당국에 원산지 확인을 요청한 사항에 대하여 상대국 관세당국이 기간내 미회신한 경우나. 체약상대국의 수출자 또는 생산자가 세관장 등의 요구자료를 기한내 미제출 또는 거짓 제출한 경우 등 수입자에게 정당한 사유가 있는 경우

3. 수출국 기관 또는 수출자 등이 발행한 원산지증명서 상의 원산지와 원산지 조사에 따른 원산지가 상이한 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 충족하는 경우가. 수입자가 원산지증명서 상의 원산지확인을 위해 통상의 주의의무를 다한 경우나. 원산지 판단에 근거가 되는 자료 또는 정보의 부실 제공 등의 행위에 해당하지 않는 경우