관세조사 후 과다납부 환급도 수정계산서 대상인가?

세관 관세조사를 통해 수입물품 세액이 과다납부된 사실을 확인해 부가가치세를 환급하는 사안이다. 수입자는 다른 업체에 대한 유권해석을 신뢰해 사후 보상금액을 과세가격에 가산하지 않았다고 주장했다.

질의요지

관세조사를 통해 과다납부한 세액 환급시 (-)수정세금계산서 발급대상 여부

상세내용

「부가가치세법」 제35조 및 같은 법 시행령 제72조 「수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침(‘13.7.26) 관련

검토의견 :

<수정수입세금계산서 발급대상 여부 : 발급 제한 대상>

부가가치세법 제35조제2항에서는 ‘세관장이 과세표준 또는 세액을 결정하거나 관세조사 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고하는 경우에는 수정수입세금계산서 발급을 제한하지만, 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우’에는 발급하도록 규정하고 있음. 쟁점이 된 처분은 ○○세관의 관세조사를 통해 이루어진 것으로, 세관장이 과세표준과 세액을 결정한 경우이므로 부가가치세법 제35조제2항의 수정수입세금계산서 발급 제한 사유에 해당함. 한편, 수입자의 주장과 같이 과세가격 결정과 관련하여 ‘수입자에게 귀책사유가 없음을 증명하는 경우’에 해당하는지 살펴보면, 수입자는 관세청과 관세평가분류원의 유권해석을 신뢰하여 사후 보상금액을 과세가격에 가산하지 않았으며, 보상조정금액 중 수입물품과 관련된 금액을 산정하는 것은 수입자의 전적인 책임이 아니므로 귀책사유가 없다고 주장하고 있으나, 관세청과 관세평가분류원의 유권해석은 타업체에 대한 사례로 동사에 그대로 적용할 수 없으며, 분류원의 유권해석도 수입물품과 관련성을 검토하여 과세할 수 있다고 명시하고 있어 수입자의 주장은 잘못된 것임. 또한, 관세법 제27조에서는 ‘관세의 납세의무자는 수입신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 물품의 가격에 대한 신고를 해야 한다’라고 규정하고 있어, 수입물품의 가격신고의 책임은 전적으로 납세의무자에게 있으므로 수입자에게 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에도 해당하지 않아 수정수입세금계산서 발급 제한 대상에 해당.

회신내용 :

부가가치세법 제35조 및 같은 법 시행령 제72조 「수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침(‘13.7.26)」 관련, 세관장의 관세조사를 통해 수입자의 귀책으로 수입물품에 대한 세액이 과다납부된 것을 확인하여 부가가치세를 환급하는 경우에도 「부가가치세법」 제35조에 따라 (-)수정수입세금계산서 발급 대상임을 알려드리오니 이행에 차질 없으시기 바랍니다.

질의

관세조사를 통해 과다납부한 세액을 환급하는 경우 음의 수정수입세금계산서 발급 대상인지 여부.

회답

세관장의 관세조사를 통해 수입자의 귀책으로 수입물품 세액이 과다납부된 것을 확인하여 부가가치세를 환급하는 경우에도 「부가가치세법」 제35조에 따라 음의 수정수입세금계산서 발급 대상임.

이유

· 검토의견상 쟁점 처분은 관세조사를 통해 세관장이 과세표준과 세액을 결정한 경우로서 수정수입세금계산서 발급 제한 사유에 해당함.

· 타 업체에 대한 유권해석을 해당 수입자에게 그대로 적용할 수 없고, 수입물품 가격신고 책임은 납세의무자에게 있으므로 수입자에게 귀책사유가 없음을 증명한 경우에도 해당하지 않음.

관세청 법령해석 법령해석일련번호 26666 (2015.01.12 회신), "관세조사 후 과다납부 환급도 수정계산서 대상인가?", GovBrief 관세, https://customs.govbrief.kr/d/kcs_cgm/26666/