수협에 공급한 수입 경유의 교통세는 누가 환급하나?

N화학은 수입 경유의 교통·에너지·환경세와 교육세를 납부한 뒤 수산업협동조합중앙회에 공급하였다. 이후 여수세관장에게 이미 납부한 세액의 환급을 신청해 환급받았으나 환급대상 여부와 정당한 기관에 이견이 생겼다.

질의요지

수입통관시 부과된 교통세 등의 환급관련 질의

상세내용

N화학(주)이 석유류(경유)를 수입하면서 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 납부(이하 “교통세 등”이라 한다) 후 수입통관. 통관 후 과세된 석유류를 면세유 가격에 상당하는 금액으로 입찰하여 수산업협동조합중앙회에 공급(판매). 旣납부한 교통세 등을 여수세관장에게 환급 신청*하여 환급받음.(* 「조세특례제한법」제106조의2, 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」제17조의 규정에 근거하여 환급신청). 「조세특례제한법」상 旣 납부한 교통세 등의 환급대상 여부와, 환급대상일 경우 정당한 환급신청 기관에 대하여 이견이 있어 이를 명확히 할 필요. 이때,(질의1) : 석유류 수입통관시 교통세 등을 납부한 수출입업자가 동 석유류를 수산업협동조합중앙회에 공급한 경우, 旣 납부 교통세 등의 환급대상 여부 및 정당한 환급기관은?- 갑설 : 환급대상- 을설 : 환급불가(질의2) : 교통세 등 환급대상일 경우 환급신청 기관은?- 갑설 : 세무서장- 을설 : 세관장- 병설 : 세무서장, 세관장 모두 한정 가능

검토의견 :

(쟁점1) <갑 설> 환급대상

① 석유판매업자가「조세특례제한법」 제106조의2 제2항의 규정에서 교통세 등이 과세된 석유류를 공급받아 수산업협동조합중앙회(법상 漁民)에게 공급한 석유류가 제1항의 면세유에 해당하는 경우 이미 납부한 세액을 환급받을 수 있으며, 또한, 「특례규정」제15조의2 제3항에서 감면세액 환급신청 방법과 절차 등을 규정하고 있음.

② 한편, 국세청 유권해석(질의회신)에서 본 건의 경우 ‘특례규정 제15조의2 규정이 적용되지 않는다’고 하였으나,「조세특례제한법」 및 「특례규정」어느 조항에도 수협을 통해 공급되는 어업용 면세유에 대하여 환급을 배제하는 명시적 규정이 없음.

③ 또한, 을론 ①의 논리가 합당하다 하더라도 「조세특례제한법」 제106조의2 근본취지는 농어민 등에게 면세유를 공급하고 해당세액을 면제 또는 환급하여 주도록 하는 데 있으므로, 비록 남해화학(주)이 수입통관당시 면세요건이 충족되지 못하여 면제받지 않았더라도 수입통관 이후 수협(어민)에게 공급한 사실이 확인되므로 명확한 관련 규정이 없지만 입법취지에 부합하므로 환급해 주어야 함.(쟁점2) <갑 설> 세무서장

① 「특례규정」 제15조의2 제3항 및 제4항에서 석유판매업자가 관할세무서장에게 환급신청서를 제출하고 세무서장이 환급하도록 명백히 규정.

② 한편, 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 제24조에서 따라 보세구역으로부터 반출하는 물품의 부과징수에 관한 사무는 보세구역의 관할세관장이 처리하도록 규정하고 있으나, 이는 세관장이 수입물품 통관시 내국세 등에 대한 부과징수를 규정한 것이며, 본 건과 같이 수입통관 이후에 「조세특례제한법」 제106조의2 규정에 의해 면제요건에 해당하는 경우, 면제되는 세액의 환급은 당해 법령의 규정에 의한 환급방법과 절차를 적용하여야 하는 바, 본 건은 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」에서 규정하는 환급대상이 아니기 때문에 세관장의 환급문제는 논의의 여지가 없음 .

질의

1. 수입통관 시 교통세 등을 납부한 석유류를 수산업협동조합중앙회에 공급한 경우 이미 납부한 세액의 환급대상인지 여부.

2. 환급대상인 경우 환급신청 기관이 세무서장인지 세관장인지 여부.

회답

### 쟁점 1

검토의견은 환급대상이라는 갑설이다. 교통세 등이 과세된 석유류를 공급받아 수산업협동조합중앙회에 공급한 석유류가 면세유에 해당하면 이미 납부한 세액을 환급받을 수 있다.

### 쟁점 2

검토의견은 환급기관이 세무서장이라는 갑설이다. 석유판매업자는 관할세무서장에게 환급신청서를 제출하고 세무서장이 환급한다.

이유

1. 「조세특례제한법」 및 「특례규정」에는 수협을 통해 공급되는 어업용 면세유의 환급을 배제하는 명시적 규정이 없다.

2. 수입통관 이후 면제요건에 해당하면 해당 법령의 환급방법과 절차를 적용해야 한다.

3. 본 건은 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」에서 규정하는 환급대상이 아니므로 세관장의 환급문제는 논의의 여지가 없다.

관세청 법령해석 법령해석일련번호 26658 (2011.11.30 회신), "수협에 공급한 수입 경유의 교통세는 누가 환급하나?", GovBrief 관세, https://customs.govbrief.kr/d/kcs_cgm/26658/